発熱の原因として最も多いのは、細菌やウイルスによる感染症です。例えば、コロナウイルスやインフルエンザウイルスのように飛沫感染するようなものは、飛沫を吸い込むところ、すなわち鼻やのど、肺などに炎症が起きやすいため、鼻水や咳、のどの痛み、肺炎などの症状を起こしやすくなります。ノロウイルスは口から腸に入ってきますので、吐き気や下痢などの胃腸の症状が中心になります。細菌が膀胱から遡ってきて腎臓に到達すると腎盂腎炎となって背中や腰が痛くなったりします。水痘ウイルスのように皮膚を好むウイルスは、水疱瘡や帯状疱疹として皮膚に異常が見られます。

がん細胞自身が熱を発生させる物質を産生することがあり、「腫瘍熱」と呼ばれる発熱が起こることがあります。感染症による発熱は感染症が鎮まれば自然と治まっていきますが、腫瘍熱は原因が除去できなければ継続し続けることが多いです。このため、熱の経過（何日出ているか、いつから出ているか）が見分ける上で重要になります。